부동산을 취득한 자가 자신의 취득에 관한 등기를 하지 않고 양도(미등기양도)하면 다음과 같은 불이익을 받는다.

먼저 양도소득세 비과세 및 감면 혜택을 받지 못한다. 부동산을 미등기로 양보하면 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세, 기타 조세특례제한법상의 각종 감면 혜택을 받지 못한다.

장기보유특별공제도 받지 못한다. 토지와 건물을 3년 이상 보유했다가 양도하면 양도소득세 계산시 보유기간에 따라 양도차익의 6~30%(1세대 1주택의 경우 20~80%)를 공제해 주지만 등기를 하지 않고 양도하면 공제를 받지 못한다.

양도소득세를 계산할 때는 모든 사람에게 각 자산별로 각각 연 250만원 씩을 공제해 주지만 미등기 양도자산에 해당되는 경우에는 공제를 받지 못한다.

양도소득세 세율은 2년 이상 보유한 자산의 경우 양도소득의 크기에 따라 6%(비사업용 토지 16%)에서 45%(비사업용 토지 55%)의 세율이 적용되나, 미등기 양도자산에 대해서는 70%의 매우 높은 세율이 적용된다.

등기를 하지 않고 자산을 양도하면 양도소득세 신고기한의 다음날부터 10년 이내에는 언제든지 양도소득세를 부과할 수 있다. 따라서 위 기간 내에 등기상의 양도자 또는 취득자에 대해 양도소득세 조사를 하거나 기타 사유로 미등기 양도 사실이 밝혀지면 무거운 세금을 물게 되므로 미등기 전에 행위는 절대로 하지 않는 것이 좋다.

한편 아래에 해당하는 자산을 양도하는 경우에는 미등기 양도로 보지 않는다.

장기할부 조건으로 취득한 자산으로서 그 계약조건에 의해 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산, 법률의 규정 또는 법원 결정에 의해 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산, 양도소득세가 감면되는 8년 이상 자경농지 및 대토하는 농지와 비과세대상인 교환·분합하는 농지, 비과세대상인 1세대 1주택으로서 건축법에 의한 건축 허가를 받지 않아 등기가 불가능한 자산 등이다.